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5554 lines
167 KiB
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5554 lines
167 KiB
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;
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; File 'topol.top' was generated
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; By user: peastman (1000)
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; On host: higgs
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; At date: Wed Apr 17 13:46:13 2013
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;
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; This is a standalone topology file
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;
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; It was generated using program:
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; pdb2gmx - VERSION 4.5.5
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;
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; Command line was:
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; pdb2gmx -f input.pdb
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;
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; Force field was read from the standard Gromacs share directory.
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;
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; Include forcefield parameters
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#include "amber99sb.ff/forcefield.itp"
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[ moleculetype ]
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; Name nrexcl
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Protein 3
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[ atoms ]
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; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
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; residue 1 LEU rtp NLEU q +1.0
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1 N3 1 LEU N 1 0.101 14.01 ; qtot 0.101
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2 H 1 LEU H1 2 0.2148 1.008 ; qtot 0.3158
|
|
3 H 1 LEU H2 3 0.2148 1.008 ; qtot 0.5306
|
|
4 H 1 LEU H3 4 0.2148 1.008 ; qtot 0.7454
|
|
5 CT 1 LEU CA 5 0.0104 12.01 ; qtot 0.7558
|
|
6 HP 1 LEU HA 6 0.1053 1.008 ; qtot 0.8611
|
|
7 CT 1 LEU CB 7 -0.0244 12.01 ; qtot 0.8367
|
|
8 HC 1 LEU HB1 8 0.0256 1.008 ; qtot 0.8623
|
|
9 HC 1 LEU HB2 9 0.0256 1.008 ; qtot 0.8879
|
|
10 CT 1 LEU CG 10 0.3421 12.01 ; qtot 1.23
|
|
11 HC 1 LEU HG 11 -0.038 1.008 ; qtot 1.192
|
|
12 CT 1 LEU CD1 12 -0.4106 12.01 ; qtot 0.7814
|
|
13 HC 1 LEU HD11 13 0.098 1.008 ; qtot 0.8794
|
|
14 HC 1 LEU HD12 14 0.098 1.008 ; qtot 0.9774
|
|
15 HC 1 LEU HD13 15 0.098 1.008 ; qtot 1.075
|
|
16 CT 1 LEU CD2 16 -0.4104 12.01 ; qtot 0.665
|
|
17 HC 1 LEU HD21 17 0.098 1.008 ; qtot 0.763
|
|
18 HC 1 LEU HD22 18 0.098 1.008 ; qtot 0.861
|
|
19 HC 1 LEU HD23 19 0.098 1.008 ; qtot 0.959
|
|
20 C 1 LEU C 20 0.6123 12.01 ; qtot 1.571
|
|
21 O 1 LEU O 21 -0.5713 16 ; qtot 1
|
|
; residue 2 SER rtp SER q 0.0
|
|
22 N 2 SER N 22 -0.4157 14.01 ; qtot 0.5843
|
|
23 H 2 SER H 23 0.2719 1.008 ; qtot 0.8562
|
|
24 CT 2 SER CA 24 -0.0249 12.01 ; qtot 0.8313
|
|
25 H1 2 SER HA 25 0.0843 1.008 ; qtot 0.9156
|
|
26 CT 2 SER CB 26 0.2117 12.01 ; qtot 1.127
|
|
27 H1 2 SER HB1 27 0.0352 1.008 ; qtot 1.162
|
|
28 H1 2 SER HB2 28 0.0352 1.008 ; qtot 1.198
|
|
29 OH 2 SER OG 29 -0.6546 16 ; qtot 0.5431
|
|
30 HO 2 SER HG 30 0.4275 1.008 ; qtot 0.9706
|
|
31 C 2 SER C 31 0.5973 12.01 ; qtot 1.568
|
|
32 O 2 SER O 32 -0.5679 16 ; qtot 1
|
|
; residue 3 ASP rtp ASP q -1.0
|
|
33 N 3 ASP N 33 -0.5163 14.01 ; qtot 0.4837
|
|
34 H 3 ASP H 34 0.2936 1.008 ; qtot 0.7773
|
|
35 CT 3 ASP CA 35 0.0381 12.01 ; qtot 0.8154
|
|
36 H1 3 ASP HA 36 0.088 1.008 ; qtot 0.9034
|
|
37 CT 3 ASP CB 37 -0.0303 12.01 ; qtot 0.8731
|
|
38 HC 3 ASP HB1 38 -0.0122 1.008 ; qtot 0.8609
|
|
39 HC 3 ASP HB2 39 -0.0122 1.008 ; qtot 0.8487
|
|
40 C 3 ASP CG 40 0.7994 12.01 ; qtot 1.648
|
|
41 O2 3 ASP OD1 41 -0.8014 16 ; qtot 0.8467
|
|
42 O2 3 ASP OD2 42 -0.8014 16 ; qtot 0.0453
|
|
43 C 3 ASP C 43 0.5366 12.01 ; qtot 0.5819
|
|
44 O 3 ASP O 44 -0.5819 16 ; qtot 0
|
|
; residue 4 GLU rtp GLU q -1.0
|
|
45 N 4 GLU N 45 -0.5163 14.01 ; qtot -0.5163
|
|
46 H 4 GLU H 46 0.2936 1.008 ; qtot -0.2227
|
|
47 CT 4 GLU CA 47 0.0397 12.01 ; qtot -0.183
|
|
48 H1 4 GLU HA 48 0.1105 1.008 ; qtot -0.0725
|
|
49 CT 4 GLU CB 49 0.056 12.01 ; qtot -0.0165
|
|
50 HC 4 GLU HB1 50 -0.0173 1.008 ; qtot -0.0338
|
|
51 HC 4 GLU HB2 51 -0.0173 1.008 ; qtot -0.0511
|
|
52 CT 4 GLU CG 52 0.0136 12.01 ; qtot -0.0375
|
|
53 HC 4 GLU HG1 53 -0.0425 1.008 ; qtot -0.08
|
|
54 HC 4 GLU HG2 54 -0.0425 1.008 ; qtot -0.1225
|
|
55 C 4 GLU CD 55 0.8054 12.01 ; qtot 0.6829
|
|
56 O2 4 GLU OE1 56 -0.8188 16 ; qtot -0.1359
|
|
57 O2 4 GLU OE2 57 -0.8188 16 ; qtot -0.9547
|
|
58 C 4 GLU C 58 0.5366 12.01 ; qtot -0.4181
|
|
59 O 4 GLU O 59 -0.5819 16 ; qtot -1
|
|
; residue 5 ASP rtp ASP q -1.0
|
|
60 N 5 ASP N 60 -0.5163 14.01 ; qtot -1.516
|
|
61 H 5 ASP H 61 0.2936 1.008 ; qtot -1.223
|
|
62 CT 5 ASP CA 62 0.0381 12.01 ; qtot -1.185
|
|
63 H1 5 ASP HA 63 0.088 1.008 ; qtot -1.097
|
|
64 CT 5 ASP CB 64 -0.0303 12.01 ; qtot -1.127
|
|
65 HC 5 ASP HB1 65 -0.0122 1.008 ; qtot -1.139
|
|
66 HC 5 ASP HB2 66 -0.0122 1.008 ; qtot -1.151
|
|
67 C 5 ASP CG 67 0.7994 12.01 ; qtot -0.3519
|
|
68 O2 5 ASP OD1 68 -0.8014 16 ; qtot -1.153
|
|
69 O2 5 ASP OD2 69 -0.8014 16 ; qtot -1.955
|
|
70 C 5 ASP C 70 0.5366 12.01 ; qtot -1.418
|
|
71 O 5 ASP O 71 -0.5819 16 ; qtot -2
|
|
; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
|
|
72 N 6 PHE N 72 -0.4157 14.01 ; qtot -2.416
|
|
73 H 6 PHE H 73 0.2719 1.008 ; qtot -2.144
|
|
74 CT 6 PHE CA 74 -0.0024 12.01 ; qtot -2.146
|
|
75 H1 6 PHE HA 75 0.0978 1.008 ; qtot -2.048
|
|
76 CT 6 PHE CB 76 -0.0343 12.01 ; qtot -2.083
|
|
77 HC 6 PHE HB1 77 0.0295 1.008 ; qtot -2.053
|
|
78 HC 6 PHE HB2 78 0.0295 1.008 ; qtot -2.024
|
|
79 CA 6 PHE CG 79 0.0118 12.01 ; qtot -2.012
|
|
80 CA 6 PHE CD1 80 -0.1256 12.01 ; qtot -2.138
|
|
81 HA 6 PHE HD1 81 0.133 1.008 ; qtot -2.005
|
|
82 CA 6 PHE CE1 82 -0.1704 12.01 ; qtot -2.175
|
|
83 HA 6 PHE HE1 83 0.143 1.008 ; qtot -2.032
|
|
84 CA 6 PHE CZ 84 -0.1072 12.01 ; qtot -2.139
|
|
85 HA 6 PHE HZ 85 0.1297 1.008 ; qtot -2.009
|
|
86 CA 6 PHE CE2 86 -0.1704 12.01 ; qtot -2.18
|
|
87 HA 6 PHE HE2 87 0.143 1.008 ; qtot -2.037
|
|
88 CA 6 PHE CD2 88 -0.1256 12.01 ; qtot -2.162
|
|
89 HA 6 PHE HD2 89 0.133 1.008 ; qtot -2.029
|
|
90 C 6 PHE C 90 0.5973 12.01 ; qtot -1.432
|
|
91 O 6 PHE O 91 -0.5679 16 ; qtot -2
|
|
; residue 7 LYS rtp LYS q +1.0
|
|
92 N 7 LYS N 92 -0.3479 14.01 ; qtot -2.348
|
|
93 H 7 LYS H 93 0.2747 1.008 ; qtot -2.073
|
|
94 CT 7 LYS CA 94 -0.24 12.01 ; qtot -2.313
|
|
95 H1 7 LYS HA 95 0.1426 1.008 ; qtot -2.171
|
|
96 CT 7 LYS CB 96 -0.0094 12.01 ; qtot -2.18
|
|
97 HC 7 LYS HB1 97 0.0362 1.008 ; qtot -2.144
|
|
98 HC 7 LYS HB2 98 0.0362 1.008 ; qtot -2.108
|
|
99 CT 7 LYS CG 99 0.0187 12.01 ; qtot -2.089
|
|
100 HC 7 LYS HG1 100 0.0103 1.008 ; qtot -2.079
|
|
101 HC 7 LYS HG2 101 0.0103 1.008 ; qtot -2.068
|
|
102 CT 7 LYS CD 102 -0.0479 12.01 ; qtot -2.116
|
|
103 HC 7 LYS HD1 103 0.0621 1.008 ; qtot -2.054
|
|
104 HC 7 LYS HD2 104 0.0621 1.008 ; qtot -1.992
|
|
105 CT 7 LYS CE 105 -0.0143 12.01 ; qtot -2.006
|
|
106 HP 7 LYS HE1 106 0.1135 1.008 ; qtot -1.893
|
|
107 HP 7 LYS HE2 107 0.1135 1.008 ; qtot -1.779
|
|
108 N3 7 LYS NZ 108 -0.3854 14.01 ; qtot -2.165
|
|
109 H 7 LYS HZ1 109 0.34 1.008 ; qtot -1.825
|
|
110 H 7 LYS HZ2 110 0.34 1.008 ; qtot -1.485
|
|
111 H 7 LYS HZ3 111 0.34 1.008 ; qtot -1.145
|
|
112 C 7 LYS C 112 0.7341 12.01 ; qtot -0.4106
|
|
113 O 7 LYS O 113 -0.5894 16 ; qtot -1
|
|
; residue 8 ALA rtp ALA q 0.0
|
|
114 N 8 ALA N 114 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
|
|
115 H 8 ALA H 115 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
|
|
116 CT 8 ALA CA 116 0.0337 12.01 ; qtot -1.11
|
|
117 H1 8 ALA HA 117 0.0823 1.008 ; qtot -1.028
|
|
118 CT 8 ALA CB 118 -0.1825 12.01 ; qtot -1.21
|
|
119 HC 8 ALA HB1 119 0.0603 1.008 ; qtot -1.15
|
|
120 HC 8 ALA HB2 120 0.0603 1.008 ; qtot -1.09
|
|
121 HC 8 ALA HB3 121 0.0603 1.008 ; qtot -1.029
|
|
122 C 8 ALA C 122 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
|
|
123 O 8 ALA O 123 -0.5679 16 ; qtot -1
|
|
; residue 9 VAL rtp VAL q 0.0
|
|
124 N 9 VAL N 124 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
|
|
125 H 9 VAL H 125 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
|
|
126 CT 9 VAL CA 126 -0.0875 12.01 ; qtot -1.231
|
|
127 H1 9 VAL HA 127 0.0969 1.008 ; qtot -1.134
|
|
128 CT 9 VAL CB 128 0.2985 12.01 ; qtot -0.8359
|
|
129 HC 9 VAL HB 129 -0.0297 1.008 ; qtot -0.8656
|
|
130 CT 9 VAL CG1 130 -0.3192 12.01 ; qtot -1.185
|
|
131 HC 9 VAL HG11 131 0.0791 1.008 ; qtot -1.106
|
|
132 HC 9 VAL HG12 132 0.0791 1.008 ; qtot -1.027
|
|
133 HC 9 VAL HG13 133 0.0791 1.008 ; qtot -0.9475
|
|
134 CT 9 VAL CG2 134 -0.3192 12.01 ; qtot -1.267
|
|
135 HC 9 VAL HG21 135 0.0791 1.008 ; qtot -1.188
|
|
136 HC 9 VAL HG22 136 0.0791 1.008 ; qtot -1.109
|
|
137 HC 9 VAL HG23 137 0.0791 1.008 ; qtot -1.029
|
|
138 C 9 VAL C 138 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
|
|
139 O 9 VAL O 139 -0.5679 16 ; qtot -1
|
|
; residue 10 PHE rtp PHE q 0.0
|
|
140 N 10 PHE N 140 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
|
|
141 H 10 PHE H 141 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
|
|
142 CT 10 PHE CA 142 -0.0024 12.01 ; qtot -1.146
|
|
143 H1 10 PHE HA 143 0.0978 1.008 ; qtot -1.048
|
|
144 CT 10 PHE CB 144 -0.0343 12.01 ; qtot -1.083
|
|
145 HC 10 PHE HB1 145 0.0295 1.008 ; qtot -1.053
|
|
146 HC 10 PHE HB2 146 0.0295 1.008 ; qtot -1.024
|
|
147 CA 10 PHE CG 147 0.0118 12.01 ; qtot -1.012
|
|
148 CA 10 PHE CD1 148 -0.1256 12.01 ; qtot -1.138
|
|
149 HA 10 PHE HD1 149 0.133 1.008 ; qtot -1.005
|
|
150 CA 10 PHE CE1 150 -0.1704 12.01 ; qtot -1.175
|
|
151 HA 10 PHE HE1 151 0.143 1.008 ; qtot -1.032
|
|
152 CA 10 PHE CZ 152 -0.1072 12.01 ; qtot -1.139
|
|
153 HA 10 PHE HZ 153 0.1297 1.008 ; qtot -1.009
|
|
154 CA 10 PHE CE2 154 -0.1704 12.01 ; qtot -1.18
|
|
155 HA 10 PHE HE2 155 0.143 1.008 ; qtot -1.037
|
|
156 CA 10 PHE CD2 156 -0.1256 12.01 ; qtot -1.162
|
|
157 HA 10 PHE HD2 157 0.133 1.008 ; qtot -1.029
|
|
158 C 10 PHE C 158 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
|
|
159 O 10 PHE O 159 -0.5679 16 ; qtot -1
|
|
; residue 11 GLY rtp GLY q 0.0
|
|
160 N 11 GLY N 160 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
|
|
161 H 11 GLY H 161 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
|
|
162 CT 11 GLY CA 162 -0.0252 12.01 ; qtot -1.169
|
|
163 H1 11 GLY HA1 163 0.0698 1.008 ; qtot -1.099
|
|
164 H1 11 GLY HA2 164 0.0698 1.008 ; qtot -1.029
|
|
165 C 11 GLY C 165 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
|
|
166 O 11 GLY O 166 -0.5679 16 ; qtot -1
|
|
; residue 12 MET rtp MET q 0.0
|
|
167 N 12 MET N 167 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
|
|
168 H 12 MET H 168 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
|
|
169 CT 12 MET CA 169 -0.0237 12.01 ; qtot -1.167
|
|
170 H1 12 MET HA 170 0.088 1.008 ; qtot -1.079
|
|
171 CT 12 MET CB 171 0.0342 12.01 ; qtot -1.045
|
|
172 HC 12 MET HB1 172 0.0241 1.008 ; qtot -1.021
|
|
173 HC 12 MET HB2 173 0.0241 1.008 ; qtot -0.9971
|
|
174 CT 12 MET CG 174 0.0018 12.01 ; qtot -0.9953
|
|
175 H1 12 MET HG1 175 0.044 1.008 ; qtot -0.9513
|
|
176 H1 12 MET HG2 176 0.044 1.008 ; qtot -0.9073
|
|
177 S 12 MET SD 177 -0.2737 32.06 ; qtot -1.181
|
|
178 CT 12 MET CE 178 -0.0536 12.01 ; qtot -1.235
|
|
179 H1 12 MET HE1 179 0.0684 1.008 ; qtot -1.166
|
|
180 H1 12 MET HE2 180 0.0684 1.008 ; qtot -1.098
|
|
181 H1 12 MET HE3 181 0.0684 1.008 ; qtot -1.029
|
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182 C 12 MET C 182 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
|
|
183 O 12 MET O 183 -0.5679 16 ; qtot -1
|
|
; residue 13 THR rtp THR q 0.0
|
|
184 N 13 THR N 184 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
|
|
185 H 13 THR H 185 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
|
|
186 CT 13 THR CA 186 -0.0389 12.01 ; qtot -1.183
|
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187 H1 13 THR HA 187 0.1007 1.008 ; qtot -1.082
|
|
188 CT 13 THR CB 188 0.3654 12.01 ; qtot -0.7166
|
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189 H1 13 THR HB 189 0.0043 1.008 ; qtot -0.7123
|
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|
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191 HC 13 THR HG21 191 0.0642 1.008 ; qtot -0.8919
|
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192 HC 13 THR HG22 192 0.0642 1.008 ; qtot -0.8277
|
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193 HC 13 THR HG23 193 0.0642 1.008 ; qtot -0.7635
|
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194 OH 13 THR OG1 194 -0.6761 16 ; qtot -1.44
|
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195 HO 13 THR HG1 195 0.4102 1.008 ; qtot -1.029
|
|
196 C 13 THR C 196 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
|
|
197 O 13 THR O 197 -0.5679 16 ; qtot -1
|
|
; residue 14 ARG rtp ARG q +1.0
|
|
198 N 14 ARG N 198 -0.3479 14.01 ; qtot -1.348
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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207 HC 14 ARG HG2 207 0.0285 1.008 ; qtot -1.02
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208 CT 14 ARG CD 208 0.0486 12.01 ; qtot -0.9716
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211 N2 14 ARG NE 211 -0.5295 14.01 ; qtot -1.364
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|
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|
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218 H 14 ARG HH21 218 0.4478 1.008 ; qtot -0.5925
|
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219 H 14 ARG HH22 219 0.4478 1.008 ; qtot -0.1447
|
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220 C 14 ARG C 220 0.7341 12.01 ; qtot 0.5894
|
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; residue 15 SER rtp SER q 0.0
|
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230 HO 15 SER HG 230 0.4275 1.008 ; qtot -0.0294
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|
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; residue 16 ALA rtp ALA q 0.0
|
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|
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; residue 17 PHE rtp PHE q 0.0
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
; residue 18 ALA rtp ALA q 0.0
|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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270 HC 18 ALA HB3 270 0.0603 1.008 ; qtot -0.0294
|
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|
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|
|
; residue 19 ASN rtp ASN q 0.0
|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
285 C 19 ASN C 285 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679
|
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286 O 19 ASN O 286 -0.5679 16 ; qtot 0
|
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; residue 20 LEU rtp LEU q 0.0
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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319 O 21 PRO O 319 -0.5748 16 ; qtot 0
|
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; residue 22 LEU rtp LEU q 0.0
|
|
320 N 22 LEU N 320 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
334 HC 22 LEU HD21 334 0.1 1.008 ; qtot -0.2294
|
|
335 HC 22 LEU HD22 335 0.1 1.008 ; qtot -0.1294
|
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336 HC 22 LEU HD23 336 0.1 1.008 ; qtot -0.0294
|
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337 C 22 LEU C 337 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679
|
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338 O 22 LEU O 338 -0.5679 16 ; qtot 0
|
|
; residue 23 TRP rtp TRP q 0.0
|
|
339 N 23 TRP N 339 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157
|
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340 H 23 TRP H 340 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438
|
|
341 CT 23 TRP CA 341 -0.0275 12.01 ; qtot -0.1713
|
|
342 H1 23 TRP HA 342 0.1123 1.008 ; qtot -0.059
|
|
343 CT 23 TRP CB 343 -0.005 12.01 ; qtot -0.064
|
|
344 HC 23 TRP HB1 344 0.0339 1.008 ; qtot -0.0301
|
|
345 HC 23 TRP HB2 345 0.0339 1.008 ; qtot 0.0038
|
|
346 C* 23 TRP CG 346 -0.1415 12.01 ; qtot -0.1377
|
|
347 CW 23 TRP CD1 347 -0.1638 12.01 ; qtot -0.3015
|
|
348 H4 23 TRP HD1 348 0.2062 1.008 ; qtot -0.0953
|
|
349 NA 23 TRP NE1 349 -0.3418 14.01 ; qtot -0.4371
|
|
350 H 23 TRP HE1 350 0.3412 1.008 ; qtot -0.0959
|
|
351 CN 23 TRP CE2 351 0.138 12.01 ; qtot 0.0421
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|
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|
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512 C 31 GLU C 512 0.5366 12.01 ; qtot 2.582
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|
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; residue 32 LYS rtp LYS q +1.0
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514 N 32 LYS N 514 -0.3479 14.01 ; qtot 1.652
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517 H1 32 LYS HA 517 0.1426 1.008 ; qtot 1.829
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518 CT 32 LYS CB 518 -0.0094 12.01 ; qtot 1.82
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520 HC 32 LYS HB2 520 0.0362 1.008 ; qtot 1.892
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521 CT 32 LYS CG 521 0.0187 12.01 ; qtot 1.911
|
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522 HC 32 LYS HG1 522 0.0103 1.008 ; qtot 1.921
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523 HC 32 LYS HG2 523 0.0103 1.008 ; qtot 1.932
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|
|
527 CT 32 LYS CE 527 -0.0143 12.01 ; qtot 1.994
|
|
528 HP 32 LYS HE1 528 0.1135 1.008 ; qtot 2.107
|
|
529 HP 32 LYS HE2 529 0.1135 1.008 ; qtot 2.221
|
|
530 N3 32 LYS NZ 530 -0.3854 14.01 ; qtot 1.835
|
|
531 H 32 LYS HZ1 531 0.34 1.008 ; qtot 2.175
|
|
532 H 32 LYS HZ2 532 0.34 1.008 ; qtot 2.515
|
|
533 H 32 LYS HZ3 533 0.34 1.008 ; qtot 2.855
|
|
534 C 32 LYS C 534 0.7341 12.01 ; qtot 3.589
|
|
535 O 32 LYS O 535 -0.5894 16 ; qtot 3
|
|
; residue 33 GLY rtp GLY q 0.0
|
|
536 N 33 GLY N 536 -0.4157 14.01 ; qtot 2.584
|
|
537 H 33 GLY H 537 0.2719 1.008 ; qtot 2.856
|
|
538 CT 33 GLY CA 538 -0.0252 12.01 ; qtot 2.831
|
|
539 H1 33 GLY HA1 539 0.0698 1.008 ; qtot 2.901
|
|
540 H1 33 GLY HA2 540 0.0698 1.008 ; qtot 2.971
|
|
541 C 33 GLY C 541 0.5973 12.01 ; qtot 3.568
|
|
542 O 33 GLY O 542 -0.5679 16 ; qtot 3
|
|
; residue 34 LEU rtp LEU q 0.0
|
|
543 N 34 LEU N 543 -0.4157 14.01 ; qtot 2.584
|
|
544 H 34 LEU H 544 0.2719 1.008 ; qtot 2.856
|
|
545 CT 34 LEU CA 545 -0.0518 12.01 ; qtot 2.804
|
|
546 H1 34 LEU HA 546 0.0922 1.008 ; qtot 2.897
|
|
547 CT 34 LEU CB 547 -0.1102 12.01 ; qtot 2.786
|
|
548 HC 34 LEU HB1 548 0.0457 1.008 ; qtot 2.832
|
|
549 HC 34 LEU HB2 549 0.0457 1.008 ; qtot 2.878
|
|
550 CT 34 LEU CG 550 0.3531 12.01 ; qtot 3.231
|
|
551 HC 34 LEU HG 551 -0.0361 1.008 ; qtot 3.195
|
|
552 CT 34 LEU CD1 552 -0.4121 12.01 ; qtot 2.783
|
|
553 HC 34 LEU HD11 553 0.1 1.008 ; qtot 2.883
|
|
554 HC 34 LEU HD12 554 0.1 1.008 ; qtot 2.983
|
|
555 HC 34 LEU HD13 555 0.1 1.008 ; qtot 3.083
|
|
556 CT 34 LEU CD2 556 -0.4121 12.01 ; qtot 2.671
|
|
557 HC 34 LEU HD21 557 0.1 1.008 ; qtot 2.771
|
|
558 HC 34 LEU HD22 558 0.1 1.008 ; qtot 2.871
|
|
559 HC 34 LEU HD23 559 0.1 1.008 ; qtot 2.971
|
|
560 C 34 LEU C 560 0.5973 12.01 ; qtot 3.568
|
|
561 O 34 LEU O 561 -0.5679 16 ; qtot 3
|
|
; residue 35 PHE rtp CPHE q -1.0
|
|
562 N 35 PHE N 562 -0.3821 14.01 ; qtot 2.618
|
|
563 H 35 PHE H 563 0.2681 1.008 ; qtot 2.886
|
|
564 CT 35 PHE CA 564 -0.1825 12.01 ; qtot 2.704
|
|
565 H1 35 PHE HA 565 0.1098 1.008 ; qtot 2.813
|
|
566 CT 35 PHE CB 566 -0.0959 12.01 ; qtot 2.717
|
|
567 HC 35 PHE HB1 567 0.0443 1.008 ; qtot 2.762
|
|
568 HC 35 PHE HB2 568 0.0443 1.008 ; qtot 2.806
|
|
569 CA 35 PHE CG 569 0.0552 12.01 ; qtot 2.861
|
|
570 CA 35 PHE CD1 570 -0.13 12.01 ; qtot 2.731
|
|
571 HA 35 PHE HD1 571 0.1408 1.008 ; qtot 2.872
|
|
572 CA 35 PHE CE1 572 -0.1847 12.01 ; qtot 2.687
|
|
573 HA 35 PHE HE1 573 0.1461 1.008 ; qtot 2.833
|
|
574 CA 35 PHE CZ 574 -0.0944 12.01 ; qtot 2.739
|
|
575 HA 35 PHE HZ 575 0.128 1.008 ; qtot 2.867
|
|
576 CA 35 PHE CE2 576 -0.1847 12.01 ; qtot 2.682
|
|
577 HA 35 PHE HE2 577 0.1461 1.008 ; qtot 2.828
|
|
578 CA 35 PHE CD2 578 -0.13 12.01 ; qtot 2.698
|
|
579 HA 35 PHE HD2 579 0.1408 1.008 ; qtot 2.839
|
|
580 C 35 PHE C 580 0.766 12.01 ; qtot 3.605
|
|
581 O2 35 PHE OC1 581 -0.8026 16 ; qtot 2.803
|
|
582 O2 35 PHE OC2 582 -0.8026 16 ; qtot 2
|
|
; residue 36 Cl rtp CL q -1.0
|
|
583 Cl 36 Cl Cl 583 -1 35.45 ; qtot 1
|
|
; residue 37 Cl rtp CL q -1.0
|
|
584 Cl 37 Cl Cl 584 -1 35.45 ; qtot 0
|
|
|
|
[ bonds ]
|
|
; ai aj funct c0 c1 c2 c3
|
|
1 2 1
|
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1 3 1
|
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1 4 1
|
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1 5 1
|
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5 6 1
|
|
5 7 1
|
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5 20 1
|
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7 8 1
|
|
7 9 1
|
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7 10 1
|
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10 11 1
|
|
10 12 1
|
|
10 16 1
|
|
12 13 1
|
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12 14 1
|
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12 15 1
|
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16 17 1
|
|
16 18 1
|
|
16 19 1
|
|
20 21 1
|
|
20 22 1
|
|
22 23 1
|
|
22 24 1
|
|
24 25 1
|
|
24 26 1
|
|
24 31 1
|
|
26 27 1
|
|
26 28 1
|
|
26 29 1
|
|
29 30 1
|
|
31 32 1
|
|
31 33 1
|
|
33 34 1
|
|
33 35 1
|
|
35 36 1
|
|
35 37 1
|
|
35 43 1
|
|
37 38 1
|
|
37 39 1
|
|
37 40 1
|
|
40 41 1
|
|
40 42 1
|
|
43 44 1
|
|
43 45 1
|
|
45 46 1
|
|
45 47 1
|
|
47 48 1
|
|
47 49 1
|
|
47 58 1
|
|
49 50 1
|
|
49 51 1
|
|
49 52 1
|
|
52 53 1
|
|
52 54 1
|
|
52 55 1
|
|
55 56 1
|
|
55 57 1
|
|
58 59 1
|
|
58 60 1
|
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60 61 1
|
|
60 62 1
|
|
62 63 1
|
|
62 64 1
|
|
62 70 1
|
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64 65 1
|
|
64 66 1
|
|
64 67 1
|
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|
|
67 69 1
|
|
70 71 1
|
|
70 72 1
|
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72 73 1
|
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72 74 1
|
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74 75 1
|
|
74 76 1
|
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74 90 1
|
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76 77 1
|
|
76 78 1
|
|
76 79 1
|
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79 80 1
|
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79 88 1
|
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80 81 1
|
|
80 82 1
|
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|
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|
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|
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84 86 1
|
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|
|
86 88 1
|
|
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|
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90 91 1
|
|
90 92 1
|
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92 93 1
|
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|
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94 95 1
|
|
94 96 1
|
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94 112 1
|
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96 97 1
|
|
96 98 1
|
|
96 99 1
|
|
99 100 1
|
|
99 101 1
|
|
99 102 1
|
|
102 103 1
|
|
102 104 1
|
|
102 105 1
|
|
105 106 1
|
|
105 107 1
|
|
105 108 1
|
|
108 109 1
|
|
108 110 1
|
|
108 111 1
|
|
112 113 1
|
|
112 114 1
|
|
114 115 1
|
|
114 116 1
|
|
116 117 1
|
|
116 118 1
|
|
116 122 1
|
|
118 119 1
|
|
118 120 1
|
|
118 121 1
|
|
122 123 1
|
|
122 124 1
|
|
124 125 1
|
|
124 126 1
|
|
126 127 1
|
|
126 128 1
|
|
126 138 1
|
|
128 129 1
|
|
128 130 1
|
|
128 134 1
|
|
130 131 1
|
|
130 132 1
|
|
130 133 1
|
|
134 135 1
|
|
134 136 1
|
|
134 137 1
|
|
138 139 1
|
|
138 140 1
|
|
140 141 1
|
|
140 142 1
|
|
142 143 1
|
|
142 144 1
|
|
142 158 1
|
|
144 145 1
|
|
144 146 1
|
|
144 147 1
|
|
147 148 1
|
|
147 156 1
|
|
148 149 1
|
|
148 150 1
|
|
150 151 1
|
|
150 152 1
|
|
152 153 1
|
|
152 154 1
|
|
154 155 1
|
|
154 156 1
|
|
156 157 1
|
|
158 159 1
|
|
158 160 1
|
|
160 161 1
|
|
160 162 1
|
|
162 163 1
|
|
162 164 1
|
|
162 165 1
|
|
165 166 1
|
|
165 167 1
|
|
167 168 1
|
|
167 169 1
|
|
169 170 1
|
|
169 171 1
|
|
169 182 1
|
|
171 172 1
|
|
171 173 1
|
|
171 174 1
|
|
174 175 1
|
|
174 176 1
|
|
174 177 1
|
|
177 178 1
|
|
178 179 1
|
|
178 180 1
|
|
178 181 1
|
|
182 183 1
|
|
182 184 1
|
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|
|
184 186 1
|
|
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|
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186 188 1
|
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|
|
188 189 1
|
|
188 190 1
|
|
188 194 1
|
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190 191 1
|
|
190 192 1
|
|
190 193 1
|
|
194 195 1
|
|
196 197 1
|
|
196 198 1
|
|
198 199 1
|
|
198 200 1
|
|
200 201 1
|
|
200 202 1
|
|
200 220 1
|
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202 203 1
|
|
202 204 1
|
|
202 205 1
|
|
205 206 1
|
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205 207 1
|
|
205 208 1
|
|
208 209 1
|
|
208 210 1
|
|
208 211 1
|
|
211 212 1
|
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211 213 1
|
|
213 214 1
|
|
213 217 1
|
|
214 215 1
|
|
214 216 1
|
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217 218 1
|
|
217 219 1
|
|
220 221 1
|
|
220 222 1
|
|
222 223 1
|
|
222 224 1
|
|
224 225 1
|
|
224 226 1
|
|
224 231 1
|
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226 227 1
|
|
226 228 1
|
|
226 229 1
|
|
229 230 1
|
|
231 232 1
|
|
231 233 1
|
|
233 234 1
|
|
233 235 1
|
|
235 236 1
|
|
235 237 1
|
|
235 241 1
|
|
237 238 1
|
|
237 239 1
|
|
237 240 1
|
|
241 242 1
|
|
241 243 1
|
|
243 244 1
|
|
243 245 1
|
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245 246 1
|
|
245 247 1
|
|
245 261 1
|
|
247 248 1
|
|
247 249 1
|
|
247 250 1
|
|
250 251 1
|
|
250 259 1
|
|
251 252 1
|
|
251 253 1
|
|
253 254 1
|
|
253 255 1
|
|
255 256 1
|
|
255 257 1
|
|
257 258 1
|
|
257 259 1
|
|
259 260 1
|
|
261 262 1
|
|
261 263 1
|
|
263 264 1
|
|
263 265 1
|
|
265 266 1
|
|
265 267 1
|
|
265 271 1
|
|
267 268 1
|
|
267 269 1
|
|
267 270 1
|
|
271 272 1
|
|
271 273 1
|
|
273 274 1
|
|
273 275 1
|
|
275 276 1
|
|
275 277 1
|
|
275 285 1
|
|
277 278 1
|
|
277 279 1
|
|
277 280 1
|
|
280 281 1
|
|
280 282 1
|
|
282 283 1
|
|
282 284 1
|
|
285 286 1
|
|
285 287 1
|
|
287 288 1
|
|
287 289 1
|
|
289 290 1
|
|
289 291 1
|
|
289 304 1
|
|
291 292 1
|
|
291 293 1
|
|
291 294 1
|
|
294 295 1
|
|
294 296 1
|
|
294 300 1
|
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296 297 1
|
|
296 298 1
|
|
296 299 1
|
|
300 301 1
|
|
300 302 1
|
|
300 303 1
|
|
304 305 1
|
|
304 306 1
|
|
306 307 1
|
|
306 316 1
|
|
307 308 1
|
|
307 309 1
|
|
307 310 1
|
|
310 311 1
|
|
310 312 1
|
|
310 313 1
|
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[ dihedrals ]
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; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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534 516 518 520 9
|
|
534 516 518 521 9
|
|
514 516 534 535 9
|
|
514 516 534 536 9
|
|
517 516 534 535 9
|
|
517 516 534 536 9
|
|
518 516 534 535 9
|
|
518 516 534 536 9
|
|
516 518 521 522 9
|
|
516 518 521 523 9
|
|
516 518 521 524 9
|
|
519 518 521 522 9
|
|
519 518 521 523 9
|
|
519 518 521 524 9
|
|
520 518 521 522 9
|
|
520 518 521 523 9
|
|
520 518 521 524 9
|
|
518 521 524 525 9
|
|
518 521 524 526 9
|
|
518 521 524 527 9
|
|
522 521 524 525 9
|
|
522 521 524 526 9
|
|
522 521 524 527 9
|
|
523 521 524 525 9
|
|
523 521 524 526 9
|
|
523 521 524 527 9
|
|
521 524 527 528 9
|
|
521 524 527 529 9
|
|
521 524 527 530 9
|
|
525 524 527 528 9
|
|
525 524 527 529 9
|
|
525 524 527 530 9
|
|
526 524 527 528 9
|
|
526 524 527 529 9
|
|
526 524 527 530 9
|
|
524 527 530 531 9
|
|
524 527 530 532 9
|
|
524 527 530 533 9
|
|
528 527 530 531 9
|
|
528 527 530 532 9
|
|
528 527 530 533 9
|
|
529 527 530 531 9
|
|
529 527 530 532 9
|
|
529 527 530 533 9
|
|
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|
|
516 534 536 538 9
|
|
535 534 536 537 9
|
|
535 534 536 538 9
|
|
534 536 538 539 9
|
|
534 536 538 540 9
|
|
534 536 538 541 9
|
|
537 536 538 539 9
|
|
537 536 538 540 9
|
|
537 536 538 541 9
|
|
536 538 541 542 9
|
|
536 538 541 543 9
|
|
539 538 541 542 9
|
|
539 538 541 543 9
|
|
540 538 541 542 9
|
|
540 538 541 543 9
|
|
538 541 543 544 9
|
|
538 541 543 545 9
|
|
542 541 543 544 9
|
|
542 541 543 545 9
|
|
541 543 545 546 9
|
|
541 543 545 547 9
|
|
541 543 545 560 9
|
|
544 543 545 546 9
|
|
544 543 545 547 9
|
|
544 543 545 560 9
|
|
543 545 547 548 9
|
|
543 545 547 549 9
|
|
543 545 547 550 9
|
|
546 545 547 548 9
|
|
546 545 547 549 9
|
|
546 545 547 550 9
|
|
560 545 547 548 9
|
|
560 545 547 549 9
|
|
560 545 547 550 9
|
|
543 545 560 561 9
|
|
543 545 560 562 9
|
|
546 545 560 561 9
|
|
546 545 560 562 9
|
|
547 545 560 561 9
|
|
547 545 560 562 9
|
|
545 547 550 551 9
|
|
545 547 550 552 9
|
|
545 547 550 556 9
|
|
548 547 550 551 9
|
|
548 547 550 552 9
|
|
548 547 550 556 9
|
|
549 547 550 551 9
|
|
549 547 550 552 9
|
|
549 547 550 556 9
|
|
547 550 552 553 9
|
|
547 550 552 554 9
|
|
547 550 552 555 9
|
|
551 550 552 553 9
|
|
551 550 552 554 9
|
|
551 550 552 555 9
|
|
556 550 552 553 9
|
|
556 550 552 554 9
|
|
556 550 552 555 9
|
|
547 550 556 557 9
|
|
547 550 556 558 9
|
|
547 550 556 559 9
|
|
551 550 556 557 9
|
|
551 550 556 558 9
|
|
551 550 556 559 9
|
|
552 550 556 557 9
|
|
552 550 556 558 9
|
|
552 550 556 559 9
|
|
545 560 562 563 9
|
|
545 560 562 564 9
|
|
561 560 562 563 9
|
|
561 560 562 564 9
|
|
560 562 564 565 9
|
|
560 562 564 566 9
|
|
560 562 564 580 9
|
|
563 562 564 565 9
|
|
563 562 564 566 9
|
|
563 562 564 580 9
|
|
562 564 566 567 9
|
|
562 564 566 568 9
|
|
562 564 566 569 9
|
|
565 564 566 567 9
|
|
565 564 566 568 9
|
|
565 564 566 569 9
|
|
580 564 566 567 9
|
|
580 564 566 568 9
|
|
580 564 566 569 9
|
|
562 564 580 581 9
|
|
562 564 580 582 9
|
|
565 564 580 581 9
|
|
565 564 580 582 9
|
|
566 564 580 581 9
|
|
566 564 580 582 9
|
|
564 566 569 570 9
|
|
564 566 569 578 9
|
|
567 566 569 570 9
|
|
567 566 569 578 9
|
|
568 566 569 570 9
|
|
568 566 569 578 9
|
|
566 569 570 571 9
|
|
566 569 570 572 9
|
|
578 569 570 571 9
|
|
578 569 570 572 9
|
|
566 569 578 576 9
|
|
566 569 578 579 9
|
|
570 569 578 576 9
|
|
570 569 578 579 9
|
|
569 570 572 573 9
|
|
569 570 572 574 9
|
|
571 570 572 573 9
|
|
571 570 572 574 9
|
|
570 572 574 575 9
|
|
570 572 574 576 9
|
|
573 572 574 575 9
|
|
573 572 574 576 9
|
|
572 574 576 577 9
|
|
572 574 576 578 9
|
|
575 574 576 577 9
|
|
575 574 576 578 9
|
|
574 576 578 569 9
|
|
574 576 578 579 9
|
|
577 576 578 569 9
|
|
577 576 578 579 9
|
|
|
|
[ dihedrals ]
|
|
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
|
|
5 22 20 21 4
|
|
20 24 22 23 4
|
|
24 33 31 32 4
|
|
31 35 33 34 4
|
|
35 45 43 44 4
|
|
37 41 40 42 4
|
|
43 47 45 46 4
|
|
47 60 58 59 4
|
|
52 56 55 57 4
|
|
58 62 60 61 4
|
|
62 72 70 71 4
|
|
64 68 67 69 4
|
|
70 74 72 73 4
|
|
74 92 90 91 4
|
|
76 79 88 80 4
|
|
79 82 80 81 4
|
|
79 86 88 89 4
|
|
80 84 82 83 4
|
|
82 86 84 85 4
|
|
84 88 86 87 4
|
|
90 94 92 93 4
|
|
94 114 112 113 4
|
|
112 116 114 115 4
|
|
116 124 122 123 4
|
|
122 126 124 125 4
|
|
126 140 138 139 4
|
|
138 142 140 141 4
|
|
142 160 158 159 4
|
|
144 147 156 148 4
|
|
147 150 148 149 4
|
|
147 154 156 157 4
|
|
148 152 150 151 4
|
|
150 154 152 153 4
|
|
152 156 154 155 4
|
|
158 162 160 161 4
|
|
162 167 165 166 4
|
|
165 169 167 168 4
|
|
169 184 182 183 4
|
|
182 186 184 185 4
|
|
186 198 196 197 4
|
|
196 200 198 199 4
|
|
200 222 220 221 4
|
|
208 213 211 212 4
|
|
211 214 213 217 4
|
|
213 215 214 216 4
|
|
213 218 217 219 4
|
|
220 224 222 223 4
|
|
224 233 231 232 4
|
|
231 235 233 234 4
|
|
235 243 241 242 4
|
|
241 245 243 244 4
|
|
245 263 261 262 4
|
|
247 250 259 251 4
|
|
250 253 251 252 4
|
|
250 257 259 260 4
|
|
251 255 253 254 4
|
|
253 257 255 256 4
|
|
255 259 257 258 4
|
|
261 265 263 264 4
|
|
265 273 271 272 4
|
|
271 275 273 274 4
|
|
275 287 285 286 4
|
|
277 282 280 281 4
|
|
280 283 282 284 4
|
|
285 289 287 288 4
|
|
289 306 304 305 4
|
|
304 307 306 316 4
|
|
316 320 318 319 4
|
|
318 322 320 321 4
|
|
322 339 337 338 4
|
|
337 341 339 340 4
|
|
341 363 361 362 4
|
|
346 349 347 348 4
|
|
347 351 349 350 4
|
|
347 346 343 360 4
|
|
351 354 352 353 4
|
|
352 356 354 355 4
|
|
354 358 356 357 4
|
|
356 360 358 359 4
|
|
361 365 363 364 4
|
|
365 385 383 384 4
|
|
383 387 385 386 4
|
|
387 402 400 401 4
|
|
392 397 395 396 4
|
|
395 398 397 399 4
|
|
400 404 402 403 4
|
|
404 419 417 418 4
|
|
409 414 412 413 4
|
|
412 415 414 416 4
|
|
417 421 419 420 4
|
|
421 436 434 435 4
|
|
423 426 432 427 4
|
|
426 430 432 433 4
|
|
427 430 428 429 4
|
|
428 432 430 431 4
|
|
434 438 436 437 4
|
|
438 455 453 454 4
|
|
453 457 455 456 4
|
|
457 477 475 476 4
|
|
475 479 477 478 4
|
|
479 499 497 498 4
|
|
497 501 499 500 4
|
|
501 514 512 513 4
|
|
506 510 509 511 4
|
|
512 516 514 515 4
|
|
516 536 534 535 4
|
|
534 538 536 537 4
|
|
538 543 541 542 4
|
|
541 545 543 544 4
|
|
545 562 560 561 4
|
|
560 564 562 563 4
|
|
564 581 580 582 4
|
|
566 569 578 570 4
|
|
569 572 570 571 4
|
|
569 576 578 579 4
|
|
570 574 572 573 4
|
|
572 576 574 575 4
|
|
574 578 576 577 4
|
|
|
|
; Include Position restraint file
|
|
#ifdef POSRES
|
|
#include "posre.itp"
|
|
#endif
|
|
|
|
; Include water topology
|
|
#include "amber99sb.ff/tip3p.itp"
|
|
|
|
#ifdef POSRES_WATER
|
|
; Position restraint for each water oxygen
|
|
[ position_restraints ]
|
|
; i funct fcx fcy fcz
|
|
1 1 1000 1000 1000
|
|
#endif
|
|
|
|
; Include topology for ions
|
|
#include "amber99sb.ff/ions.itp"
|
|
|
|
[ system ]
|
|
; Name
|
|
Villin N68H in explicit water
|
|
|
|
[ molecules ]
|
|
; Compound #mols
|
|
Protein 1
|
|
SOL 2761
|